背景[]
10月9日，由於阿維尼翁的進攻作戰，學園都市治安變得薄弱。成為無法地帶的此地，黑暗組織在暗中活躍。生活在學園都市黑暗中的組織伺機而動，各自為自己的目的行動著。
暗部是維持學園都市內部的安定和執行「無法向光明表達的事」的組織，干的活有暗殺、鎮壓、銷毀資料等等。暗部分為隸屬理事會的、直屬於理事長的和無上級自己行動的。暗部組織對於明面上的人來說是保密的，不能輕易知曉，即使是入侵「書庫」也只是知道組織名字而已。
事件涉及暗部組織：
Group（隸屬於統括理事會）：一方通行、土御門元春、結標淡希、偽海源光貴（艾札力）；
Item（隸屬於統括理事會）：麥野沉利（首領）、絹旗最愛、瀧壺理后、芙蘭達 塞維倫、濱面仕上（打雜的）；
Block（隸屬於統括理事會）：佐久未彥（首領）、手鹽惠未、山手、鐵網；
School（隸屬於統括理事會）：垣根帝督（首領）、「禮服女」（本名不明）、譽望萬化、弓箭獵虎（前狙擊手）、砂皿緻密（現僱傭狙擊手）；
Member（直屬於統括理事長）：「博士」（首領、本名不明）、馬場芳郎、查樂、席琪桃爾、警策看取；
劇情介紹[]
土御門元春來到一家百貨公司的清掃室會見「人才派遣」，直言自己是來抓他的。土御門先打穿了吧檯上稀釋劑（易燃）罐子，然後一把火逼出了「人才派遣」並給了他一槍。[1]
同時，從法國阿維尼翁回來的一方通行來到第七學區的醫院，最後之作已經出院[2]。在最後之作坐計程車離開後一方才來到「冥土追魂」旁邊索要項圈電極的設計圖[3]。
押著「人才派遣」的下層組織護送車被戴頭環的少年[4]襲擊，車子被強行扯斷。「人才派遣」被頭環少年所殺。
艾札力在「人才派遣」的住處搜查，並往要求下級組織搬的東西上貼上便利貼。在拿著發現的紙鈔時遭遇火箭炮襲擊。然後「區塊」（身穿深灰色裝甲服的一群人）闖入房間。
艾札力使用反射金星光的魔法殺死「區塊」的一員再剝死者皮用魔法偽裝成死者[5]。紙鈔被看重是因為學園都市發行的紙幣有鑲嵌IC晶片，讀取晶片可以知道信息。學園都市有自己獨立貨幣局。
一方通行、土御門元春、結標淡希前來公寓找尋艾札力留下的線索。在微波爐里找到艾札力留下的紙幣[6]。在衣櫃裡發現艾札力變裝對象。[7]
讀取晶片獲得一系列信息，同時親船最中的演講即將開始，砂皿緻密做好狙擊準備。
一方讓結標送他和土御門去演講現場，一方破壞了車輛終止演講致使狙擊失敗。[8]
垣根帝督讓砂皿撤退，紙幣讀取出僱傭砂皿的人的信息。由此得知還有其他暗部的存在。
「道具」四人在餐廳吃飯。濱面仕上端上飲品。[9]
濱面向「道具」四名正式成員發送情報，隨後四人前往基本粒子工學研究所試圖阻止「學校」。[10]
在基本粒子工學研究所外，濱面遇見黃泉川愛穗，黃泉川詢問濱面車的來歷。一輛小轎車駛來，麥野沉利帶著瀧壺理后追出，麥野要求濱面開車追擊。 在追擊途中「道具」的車遭到「心理定規」阻截，車被打壞。「心理定規」下車追殺濱面。
「心理定規」追濱面到樓頂，濱面從三樓跳下。
垣根帝督開車來到第四學區的冷凍肉儲存倉庫。
「集團」得知了新情報，第五學區（計算機）病毒保管中心遭到駭入。根據外部連結終端的緊急中斷情況來看是「邀請」他們到那裡去。接到人在「區塊」的艾札力的電話得知「區塊」的目標是第二十三學區的衛星。一方通行決定自己行動於是踹門出去自己找車。
新出場人物[]
- 「人才派遣」，是通過關係網補充不足的人才，藉此賺取介紹費的人物。犯罪集團缺乏的人才就是由「人才派遣」補充。
- 譽望萬化，暗部「學校」正式成員之一。LV4念動能力者。通過念動力可做到發火、無聲化、透明化、電子操作等多樣的能力。襲擊押送「人才派遣」的運貨車並殺害「人才派遣」，在基本粒子工學研究所被麥野沉利殺害。
- 砂皿緻密，「學校」僱傭來殺親船最中的專業狙擊手。
- 垣根帝督，學園都市LV5第二位，『未元物質』能力者，視第一位一方通行為眼中釘。
補充說明[]
- ↑ 給「人才派遣」腹部打一槍是要防止他耍花招或者逃跑，土御門還需要他的情報。
- ↑ 最後之作住院是為了清除9月30日由木原數多注入腦中的病毒。
- ↑ 一方通行索要電極圖是不想自己的性命受他人操控，但U盤裡的內容從基本材料開始全是「冥土追魂」的個人技術。
- ↑ 少年名為譽望萬化，是school的正式成員，前來殺人滅口。可惜的是動畫裡連CV都沒有。
- ↑ 滅火及報警裝置事先被「區塊」的人切斷因而沒有響應。艾札力手上只有一把黑曜石小刀而公寓外還有不少「區塊」的人難以脫逃只能選擇偽裝。
- ↑ 紙幣藏在微波爐里可以遮斷電波，即使「區塊」的人持有探測器也能躲過。
- ↑ 不救艾札力的原因：「集團」是薄情的組織，基本想法是「自己闖的禍自己解決」，就算有線索也不一定會去救他更何況不知道襲擊公寓的是哪路人。
- ↑ 這裡有很多信息沒表示。一、舞台背後有不鏽鋼板，演講地點周圍有四台能產生包圍整個會場風的特殊車輛，是專門用於妨礙狙擊的。二、砂皿在狙擊親船之前事先狙擊那四輛車使得干擾失效。三、親船和護衛們都沒有發現狙擊妨礙裝置已失效，因為磁力狙擊炮不用火藥幾乎無聲。四、親船最中沒穿防彈衣。
- ↑ 芙蘭達開罐頭用的是小型炸藥，在罐頭貼上一圈膠帶般的東西，裝上電氣引信用炸藥炸開。字幕里沒翻譯出絹旗最愛的口癖「超」。濱面仕上因為先前暗殺御坂美鈴計劃失敗而不得已在「道具」手下打雜。
- ↑ 「學校」依舊實行親船暗殺計劃的理由：理事會成員遇襲的話會從其他地方調動警備力量和各種物資來保護VIP，從而使別處警備力量變得薄弱。「學校」的目標就是基本粒子工學研究所里的「鑷子」，不管是暗殺誰只要能引起騷亂就行。而親船最中是警備最薄弱的VIP因而得手機會更高。而「道具」是推測「在警備變得薄弱的設施中學校可能現身的地方」