小说15卷插图，五大暗部组织的核心人物
暗部组织是学园都市中由统括理事会上层管理的机密特务组织，为各自利益而行动，常从事暗杀、镇压、销毁资料等秘密工作。
一般的暗部组织常由四人构成，同时背后有庞大的人员支持。
第三次世界大战后，经由一方通行胁迫，大部分组织已解散。
组织及人员列表[ | ]
| Group 集团 |
学园都市最大暗部组织，从任务执行到后勤处理都有专人负责。 四人共同点为「为守护珍视之人而战」。彼此不分队员队长。 直属上司为电话男。起初为接受上级命令的雇佣组织，后目标为探明Dragon的机密，以此作为与上层谈判的筹码。 第三次世界大战后似乎停止活动。 |
|---|---|
| 土御门元春 · 一方通行 · 海原光贵（艾扎力） · 结标淡希 | |
| Item 道具 |
初期成员皆为少女，成员共同点为借助道具作战。 直属上司为电话女。负责镇压其他暗部组织的暴动。和「学校」敌对。 10月9日事件后濒临解体，后重组为新的四人组织。 |
| 麦野沈利 · 绢旗最爱 · 芙兰达·塞伊文 · 泷壶理后 · 滨面仕上 | |
| School 学校 |
较独立的暗部组织，成员死亡率很高。 十月九日发动叛变，欲获得与亚雷斯塔·克劳利直接对话的机会，后被全灭。 |
| 垣根帝督 · 心理定规 · 砂皿致密 · 譽望萬化 | |
| Member 人员 |
亚雷斯塔直属，以高科技自许的暗部组织。 10月9日被全灭。 |
| 博士 · 马场芳郎 · 红色水手服 · 查乐 | |
| Block 区块 |
成员多为无能力者。 10月9日欲暗杀亚雷斯塔，计划失败被全灭。 |
| 佐久辰彦 · 手盐惠未 · 山手 · 铁网 | |
| 猎犬部队 Hunt Dog |
亚雷斯塔直属，以木原数多为首的暗部组织。 成员大多为享受追捕快感的前警备员，基本上均互相蔑视，以化名相称。 9月30日在亚雷斯塔授意下绑架最后之作开启人造天界，后被愤怒的一方通行基本清除。 |
| 迎电部队 Spark Signal |
专门应对情报泄漏的暗部部队。 10月17日发动叛变，要求统括理事会公开「Dragon」的情报，被「Group」全灭。 |
| 新入生 | 第三次世界大战后新成立的暗部组织。 接受学园都市上层指示袭击芙蕾米娅·塞伊文，诱使滨面仕上和一方通行联合，使学园都市上层将他们定位为「无法估量的膨胀势力」，以此作为加以清除的借口。 |
| 黑夜海鸟 · 银裳·阿尔法 |
图片[ | ]
第一排左起：Group（一方通行 · 土御门元春 · 海原光贵 · 结标淡希），索绮特（本来形态），博士使用的机械犬
第二排左起：School（垣根帝督 · 心理定规 · 砂皿致密 · 金属环少年），Block（手盐惠未 · 佐久辰彦 · 铁网 · 山手）
第三排左起：Item（麦野沈利 · 芙兰达·塞伊文 · 泷壶理后 · 绢旗最爱），Member（博士 · 马场芳郎 · 查乐 · 索绮特）